Die zweite Staffel beschreibt Dexters Identitätskrise, sein Verlangen, Emotionen zu verspüren und die Trennung von Rita – nur um sich wieder mit ihr zu versöhnen. Derweil sucht die komplette Polizeieinheit in Miami nach dem Bay Harbour Metzger, also quasi nach Dexter, der versucht eine reine Weste zu bewahren.